Rad Instituta ustrojen je po odjelima, znanstvenoistraživačkim jedinicama i pratećim službama.
U Znanstveno-istraživačkom odjelu aktivno je sedam znanstvenoistraživačkih jedinica:
1. za srednjovjekovnu umjetnost
2. za graditeljsku baštinu 16.-19.st
3. za slikarstvo, kiparstvo i umjetni obrt 16.-19.st.
4. za graditeljsku baštinu 19 - 20. st
5. za modernu i suvremenu umjetnost
6. za informacijske, komunikacijske
i teorijske aspekte povijesti umjetnosti
7. za umjetničku topografiju Hrvatske
Osim znanstvenoistraživačkog Institut ima Stručno-tehnički odjel koji se sastoji od četiri službe koje čine znanstvenu i stručnu infrastrukturnu podršku znanstvenoistraživačkom programu
1. arhitektonske službe i planoteke
2. fototečne i fotografske službe
3. bibliotečne i arhivske službe
4. informacijsko-dokumentacijske službe
U sklopu trećeg Upravno-računovodstvenog odjela djeluju službe tajništva, računovodstva, nakladništva i druge specijalne službe.
Upravno vijeće Instituta:
1. prof.dr. sc. Vladimir Goss, Filozofski fakultet, Rijeka, predsjednik Upravnog vijeća
2. akademik Igor Fisković, Filozofski fakultet, Zagreb
3. dr. sc. Katarina Horvat Levaj, Institut za povijest umjetnosti
4. doc. dr.sc. Željko Marović, Umjetnička akademija Sveučilišta u Splitu
5. dr. sc. Diana Vukičević Samaržija, Institut za povijest umjetnosti